Malou Haine est professeur honoraire de musicologie à l’Université libre de Bruxelles et conservateur honoraire du Musée des instruments de musique à Bruxelles. Elle a exercé un mandat de chercheur auprès de la Politique scientifique fédérale belge (2009-2012).
Depuis 2009, elle codirige la collection MusicologieS aux Éditions Vrin (Paris), après avoir dirigé seule la collection Musique/musicologie aux Éditions Pierre Mardaga à Liège (1985-2007) et celle de Pepetuum mobile chez Symétrie (Lyon) (2007-2009). Elle est auteur ou coauteur d'une vingtaine de livres, et en a dirigé une quinzaine d’autres. Elle a écrit plus d'une centaine d'articles dans des revues spécialisées et a participé à une centaine de colloques internationaux..
« Visiting Professor » à Urbana-Champaign (Ill. USA) en 1986, elle a également enseigné à l’Ecole normale supérieure de Paris en 1991, 1993 et 1998, ainsi qu’à l’Université de Liège de 1984 à 1993.
Ses travaux portent sur la vie musicale en France et en Belgique de 1750 à 1950, tant dans ses aspects institutionnels que sociaux. Elle s’est plus spécialement consacrée aux instruments de musique, à « Liszt en France et en Belgique » en passant par « Jean Cocteau et la musique » ou « Le groupe des Six » ou encore « Les musiciens de la famille Servais -Van Dyck ». Elle a consacré plusieurs travaux aux écrits de musiciens. Elle a également traduit huit ouvrages sur l’architecture et sur la musique et écrit plusieurs centaines d’articles de dictionnaires.
Depuis 2012, elle s'intéresse à la place de la musique et des instruments dans l'Encyclopédie de Diderot et D'Alembert, dans les dictionnaires spécialisés de l'Encyclopédie méthodique et, plus généralement, dans les dictionnaires lexicograhiques du XVIIIe siècle.